Vegetacijai baigiantis, prasidėjus šaltiems, lietingiems orams, nelaukiant ilgalaikio stipresnio atšalimo, pradedamas tvarkyti paskutinis pomidorų derlius.
Pomidorai yra šilumamėgiai augalai, todėl nešildomuose plėvelės šiltnamiuose bei lauke sodinami palyginti vėlokai. Visi vasiai nespėja sunokti. Prasidėjus rugsėjui, nors dienomis dar būna šilta, bet labai atšąla naktimis, rytais ilgai laikosi rasa, o jeigu dar dažnokai palyja – susidaro labai palankios sąlygos marui ir kitoms grybinėms ligoms plisti.
Dėl didelio dienos ir nakties temperatūros svyravimo pomidorų vaisiai trūkinėja ir pūva. Oro temperatūrai ilgesnį laiką nukritus žemiau, 6 °C šilumos, pomidorai atrodo sveiki, bet nokdami lauke arba nokinami patalpoje vis dėlto pūva. Tik nuskynus juos dar galima raugti arba marinuoti (kaip agurkų pakaitalą), o šalnų pakąsti pomidorai nebetinka net šitai paskirčiai.
Ilgiau laikyti geriau tinka smulkiavaisių veislių pomidorai.
Užaugę sausrų metu geriau laikosi negu augę lietingais metais. Ypač gerai laikosi “Svara’ veislės pomidorai. Nuskinti jie sudedami į medines arba kartonines 12-15 kg talpos dėžes. Kiekvienas pomidorų sluoksnis uždengiamas popieriumi. Tai apsaugo nuo vytimo bei susilietimo su ligomis apsikrėtusiais vaisiais. Be to, popierius sulaiko iš nokstančių pomidorų išsiskiriančias etileno dujas, kurios skatina žalių vaisių nokimą.
Dėžėse sudėti žali pomidorų vaisiai laikomi patalpoje, kurios temperatūra ne žemesnė kaip 14-16 °C. Pomidorai palaipsniui noksta ir išsilaiko iki metų pabaigos. Turint laisvos vietos nešaltame namo rūsyje, galima išrauti kelis veislės “Svara“ augalus su žaliais vaisiais ir sukabinti šaknimis į viršų ant ištemptų vielų. Pomidorai palaipsniui noks iki kovo vidurio ir skoniu nesiskirs nuo prinokusių lauke. Tačiau jeigu pomidorai bus raunami po šalnos, jų vaisiai supus.
Ilgai laikyti tinka ne visų veislių pomidorai. Geriau laikosi rūgštesni, turintys stambesnius sėklalizdžius ir daug sėklų pomidorai. Ilgai laikomų stambių mėsingų pomidorų skonis blogėja. Stambiavaisius pomidorus, kad greičiau prinoktų, reikia laikyti šiltesnėje patalpoje. Prie jų likę vaisiakočiai sunkiau atsiplėšia, todėl nešalinami, kad į pažeistą vietą neįsiveistų puvinys. Skinant pomidorus svarbu jų nepažeisti mechaniškai, nemesti į dėžes iš aukštai. Geriausiai pomidorai noksta patalpoje, kurios temperatūra – apie 20-25 °C. Paspartinti pomidorų nokimą galima į juos įmaišant nokstančių pomidorų, kurie išskiria daugiau etileno dujų, o tai skatina kitų vaisių nokimą. Pomidorai gerai laikosi dėžėse susluoksniuoti su sausomis lapuočių medžių pjuvenomis.
Pomidorų vegetacijos pabaigoje, esant nepalankioms oro sąlygoms (dažnai lyja, šaltos naktys), nuskintus paskutiniuosius neprinokusius vaisius reikia termiškai dezinfekuoti. Žali pomidorų vaisiai dviem minutėms panardinami į pakaitintą iki 60-62 °C temperatūros vandenį. Paskui jie nudžiovinami arba sausai nušluostomi ir sudedami nokti. Šiluminė dezinfekcija netik apsaugo pomidorus nuo puvimo, bet ir pagreitina nokimą. Ilgiau palaikyti karštame vandenyje pomidorai praranda prekinę išvaizdą, jų išorė visam laikui palieka balkšvai žalia, nors vidus būna normaliai sunokęs, skonis geras.
Prinokę, bet dėl didelio drėgmės arba temperatūros svyravimo sutrūkę pomidorai ilgai nesilaiko. Įtrūkimo vietą pabarsčius stambia druska, jie laikysis kelias dienas ilgiau. Jei įtrūkusių pomidorų daug, geriau iš karto iš jų spausti sultis arba gaminti padažus. Nespėtus suvartoti sunokusius pomidorus reikėtų sudėti į perforuotos (su skylutėmis) plėvelės maišelius ir laikyti šaldytuve.
Jame raudonus ir silpnai paraudusius pomidorus galima išlaikyti 20-30 dienų, pageltusius – iki 50 dienų, o žalius, bet termiškai dezinfekuotus – net 3 mėnesius. Iš šaldytuvo perkėlus į šiltą patalpą pomidorai sunoks.
