Svarbiausia apsaugos nuo ligų priemonė įveisiant plantacijas — sveikų sodmenų atrinkimas.
Šilauogių sodinukai turi turėti tvirtus, gerai išsivysčiusius ūglius, kurių viršūnėlės nenudžiuvusios, lapai nedėmėti, tamsiai žali, ant stiebų nėra juosvų ar rudų dėmių. Pasodinti sergantys augalai greitai žūsta arba blogai auga, nokina įvairių ligų pažeistas uogas, kurios greitai sugenda.
Uogynas bus atsparesnis ligoms ir kenkėjams, jei augs tinkamai parinktoje vietoje, augalams netrūks vandens ir maisto medžiagų, jei nebus sąlygų kenkėjams ir ligoms plisti. Didžiausius nuostolius šilauogynams padaro grybinės ligos. Jos ypač pavojingos jauniems augalams.
Grybinės ligos pažeidžia įvairias augalo dalis: stiebus, žiedus, lapus, uogas. Labiausiai paplitę — stiebų deguliai (sukėlėjas Fusicoccum putrefacens Shear) ir vėžys (Phomopsis vaccinii Shear). Stiebų deguliams būdingi požymiai – rausvos apvalios ar ovalios dėmelės ant 1-2 metų amžiaus šilauogės stiebų, atsirandančios anksti pavasarį ties buvusiomis lapų suaugimo vietomis aplink pumpurus. Dėmelės didėja, paruduoja, audiniai apie pumpurą apmiršta. Pažeisto stiebo lapai pagelsta ir vasarą stiebas nudžiūsta. Žaizdos dažniausiai susidaro apatinėje stiebo dalyje. Kartais jos pažeidžia šaknies kaklelį ir tada nudžiūsta visas krūmas.
Pagrindinė apsaugos priemonė yra genėjimas kuo ankstyvesnėje ligos fazėje. Šilauogių veislės ne vienodai jautrios šiai ligai.
Vėžiui būdingi požymiai — spuogeliai ant šakų. Užsikrečia per jauniausias, intensyviausiai augančias dalis, per žiedus. Infekcija plinta per mechaninius ar nuo šalčio atsiradusius pažeidimus. Pagrindiniai skiriamieji požymiai – nudžiuvusios jaunų stiebų viršūnės ir paraudę, sudžiuvę, bet nenukritę nuo šakų lapai. Apsaugos priemonės – genėti ir deginti pažeistus stiebus ir šakas, nepertręšti azoto trąšomis, nesodinti šaltoje, šlapioje dirvoje.
Kekerinis puvinys (Botrytis cinerea Pers.) daug žalos padaro visam augalui. Pažeistose vietose
stiebas paruduoja, vėliau papilkėja ir primena nuo šalčio nukentėjusią vietą. Grybas dažniausiai pažeidžia žiedus (jie paruduoja), lapus, uogas. Nuo šios ligos Sumažėja šilauogių uogų derlius. Liga plinta nuo jaunų augančių viršūnių į krūmo apačią. Apsaugos priemonės – vengti pertręšimo, gausaus laistymo žydėjimo metu.
Augalams žalos padaro filostiktozė (Phyllosticta vaccinii), moniliozė (Monillia vacCirzii).
Kovai su ligomis naudojami fungicidai. Šilauoges pažeidžia ir kenkėjai – vabzdžiai bei jų lervos: neporinio verpiko vikšrai, lapsukių lervos, amarai, skydamariai ir kt. Šilauoges pažeidžia ir virusinės ligos. Užsikrėtę virusais augalai užauga maži, jauni ūgliai džiūsta, lapai deformuojasi. Juos nustatyti labai sunku, o Sunaikinti užsikrėtusiuose augaluose – neįmanoma, būtina sunaikinti pačius užsikrėtusius augalus. Dėl virusų padarytos žalos kartais netenkama iki 25 proc. derliaus.
Lietuvoje nėra patvirtintas sodinių šilauogių plantacijose leidžiamų naudoti pesticidų sąrašas.
