Šiltadaržiuose itin palankios sąlygos ligoms ir kenkėjams plisti (visą laiką aukšta temperatūra, 
didelė drėgmė, derlingas gruntas, nedidelis augalų asortimentas), todėl turi būti labai gerai sutvarkyta augalų apsauga. Svarbiausios profilaktinės priemonės: apsauga nuo parazitų įvežant sėklą arba augalus, atsparių ligoms ir kenkėjams veislių auginimas, drėgmės ir mitybos optimalus režimas.
Šiltadaržiuose labai greitai plinta šie kenkėjai: voratinklinės erkutės, tripsai, amarai, baltasparniai, nematodai ir kt. Taip pat augalai dažnai suserga šiomis ligomis: agurkų miltlige, antraknoze, askochitoze, baltuoju puviniu, rudaja dėmėtlige, pošaknio puviniais ir kt.
Kad į šiltnamį nepatektų kenkėjų ir ligų sukėlėjų, reikia stebėti dekoratyvinius augalus, kurie įvežami šiltnamio koridoriui ar buitinėms patalpoms puošti. Negalima pirkti ir įvežti daržovių daigų iš nežinomų ūkių, kuriuose gali būti išplitusios ligos ir kenkėjai. Kenkėjų bei ligų sukėlėjų gali būti įvežta su tara, todėl reikia ją dezinfekuoti. Labai svarbu užkirsti kelią ligoms ir kenkėjams plisti šiltadaržiuose, kur auginami daržovių daigai. Sodinant užkrėstus daigus, išplatinamos ligos ir kenkėjai po visus šiltnamius. Prieš įėjimą į šiltnamius turi būti padėti kilimėliai, sudrėkinti formalinu su chlorkalkėmis. Aptarnaujantysis personalas turi dėvėti specialius chalatus ir specialią avalynę. Labai svarbu laikytis šios tvarkos ir pašaliniams asmenims.
Mašinos, įvažiuojančios į šiltnamio teritoriją, pervažiuoja per specialų dezinfekcinį padėklą (dezomatą). Viena svarbiausių profilaktinių priemonių yra dirvos (grunto) ir terpės dezinfekavimas (sterilizavimas).
