Baigus skinti pomidorų derlių, nedelsiant reikia sutvarkyti šiltnami. Jeigu jame buvo ligotų augalų arba kenkėjų židinių, tai prieš raunant augalus juos reikia apipurkšti fungicidų ir insekticidu tirpalu. Fungicidai ir insekticidai parenkami atsižvelgiant į pomidorų derėjimo pabaigoje šiltnamyje paplitusias ligas bei kenkėjus. Jeigu derėjimo pabaigoje augalai buvo sveiki, purkšti nereikia, belieka juos išrauti su šaknimis ir išnešus į daržo pakraštį, išdžiovinus sudeginti arba panaudoti kompostui gaminti. Šiltnamyje surenkami likę lapai, virvių galai, plėvelės atplaišos bei kitos šiukšlės ir sudeginama. Ligų bei kenkėjų apniktame šiltnamyje reikėtų nukasti 34 cm storio viršutinį žemės sluoksnį ir išvežti atokiau nuo šiltnamio. Šiltnamio medinės arba iš vamzdžių padarytos konstrukcijos nuplaunamos pigiausių skalbimo miltelių tirpalu (500 g/1 0 1 šilto vandens). Tuo pačiu tirpalu nuplaunami ir darbo įrankiai bei inventorius. Plaunama šepečiu.
Po paviršinio šiltnamio tvarkymo gilesniuose žemės sluoksniuose vis tiek dar lieka ligų sukėlėjų. Nedidelių šiltnamių žemę galima dezinfekuoti ją palaisčius verdančiu vandeniu (10-12 l/m2).
Jeigu išvalius šiltnami oro temperatūra dar ne žemesnė kaip 15 °C, gerą efektą duos žemės dezinfekavimas sausomis chlorkalkėmis( 100-200 g/mo), į žemę jas įterpiant grėbliu. Chlorkalkės naikina visų ligų su sukelėjus.
Deja, jeigu oras šaltas, jos neveiksmingos, o išbarstytos pavasarį kenkia augalams, Pavasarį žemės paviršių galima dezinfekuoti nupurškiant 0,3 proc. Vario Sulfato tirpalu. Pasodinus pomidorus į ligomis neužkrėstą žemę, ne tik bus mažiau darbo, bet ir mažiau išlaidų augalų priežiūrai, o derlius – gausesnis.
