Ekologiniame ūkyje piktžolių kiekį galima riboti taisyklinga sėjomaina arba dengiant dirvą organinėmis medžiagomis, pavyzdžiui, kompostu, smulkintais šiaudais, nupjautais žaliosioms trąšoms augalais, organiniais likučiais. Netinka žievė, pjuvenos (jie rūgština dirvą, augalams gali trūkti azoto).
Dirvoje augalai turi augti visą vegetacijos periodą. Pavyzdys – natūralios ekologijos sistemos, kurių dirvoje visą laiką auga vieni ar kiti augalai. Jeigu šito nepadarysime dirbdami žemę, tai Gamta užsės dirvą piktžolėmis. Sąvoka “piktžolė” ne visada yra vienareikšmė, nes kartais tai vertingos žolės, pavyzdžiui, dilgėlės, pienės, ramunėlės, asiūkliai. Iš jų galima gaminti fermentuotus tirpalus, biodinaminius preparatus nuo ligų ir kenkėjų. Piktžolių išplitimas glaudžiai susijęs su kultūrinių augalų išsivystymu, dirvožemio tipu. Jos – geros dirvos kokybės rodiklis. Paprastoji žliūgė auga turtingose azoto dirvose. Dirvinė usnis turi storą tiesią šaknį, kuri giliai įsiskverbia į dirvą, ją purena ir vėdina. Po dilgėlių lieka tamsi, gyvybinga dirva, o paprastasis šalpusnis auga ant įmirkstančių dirvų. Šie keli pavyzdžiai rodo, kad piktžolės auga tam tikrose vietose ir jas puikiai galima panaudoti auginant ir tręšiant augalus.
Piktžolių kiekį galima reguliuoti sėjant priešsėlius po anksti nuimamų, prieš vėlai sėjamus ar sodinamus augalus arba įsėliuojant į pagrindines kultūras. Kitas metodas – nudeginimas specialiais prietaisais. Siuo atveju dirvos mikroorganizmai nenaikinami ir aplinka nenuodijama. Nepastebėta jokia aukštos temperatūros neigiama įtaka gyvybei paviršiniame 2-3 mm dirvos sluoksnyje. Šis būdas dažniausiai naudojamas visame dirvos paviršiuje iki pasirodant ilgai dygstančių augalų daigams, pavyzdžiui, morkų (iki 12 dienų po sėjos) arba pasirinktinai (tarpueiliai) augalams, kurie nebijo aukštesnės temperatūros, pavyzdžiui, sumedėję ūgliai (medžiai, uogakrūmiai), bulvės, svogūnai ir kukurūzai. Jautriausios nudeginimui jaunos piktžolės, o dviskiltės žūsta greičiau nei vienskiltės.
Reikia atkreipti dėmesį į dvimetes piktžoles (dirvinę usnį, dygliuotajį dagi), kurios dauginasi sėklomis ir vegetatyviai. Šias piktžoles naikinti sunku.
Labai geras metodas – nušienauti pražydusias piktžoles, tačiau tai reikia padaryti prieš sėkloms subręstant. Nušienavus miršta visas augalas kartu su šalutinėmis šaknimis.
